分享一篇發(fā)表在Nat. Chem. Biol.上的文章“An allosteric cyclin E-CDK2 site mapped by paralog hopping with covalent probes”，本文的通訊作者是來自Scripps研究所的Benjamin Cravatt教授。這篇文章中作者分析了具有高活性半胱氨酸蛋白的同源物的配體可及性。
人類基因編碼蛋白共有約20000個(gè)，其中有超過一半有同源蛋白，它們?cè)诩?xì)胞中執(zhí)行重疊但不同的功能，具有序列和結(jié)構(gòu)相關(guān)性。化學(xué)蛋白質(zhì)組學(xué)幫助我們發(fā)現(xiàn)了親電敏感的半胱氨酸組，為這些蛋白的配體發(fā)現(xiàn)奠定了基礎(chǔ)。那么，這些結(jié)果是否能為不含有半胱氨酸的同源蛋白的配體發(fā)現(xiàn)提供幫助呢？
本文研究了細(xì)胞周期蛋白CCNE，其中CCNE2的Cys109已通過化學(xué)蛋白質(zhì)組學(xué)方法證明是可被（R，R）-色普托啉丙烯酰胺（WX-03-59）及其炔基化探針（WX-03-348）共價(jià)配位的。為了研究同源蛋白CCNE1是否有類似的配體可及性，其中Cys109對(duì)應(yīng)的位點(diǎn)為Asn112，作者將CCNE1進(jìn)行了突變（CCNE1-N112C），并通過生物發(fā)光共振能量轉(zhuǎn)移NanoBRET證明了CCNE1-N112C可以與共價(jià)配體發(fā)生相互作用，且可以識(shí)別抑制CCNE1-N112C或CCNE1：CDK2（細(xì)胞周期蛋白依賴性激酶2）復(fù)合物的化合物。
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X射線晶體學(xué)揭示CCNE1-N112附近的變構(gòu)口袋可以與可逆抑制劑結(jié)合。基于此，作者提出靶向CCNE1-N112C的抑制劑可能是通過A環(huán)運(yùn)動(dòng)進(jìn)行別構(gòu)調(diào)節(jié)的。
總之，本文拓展了化學(xué)蛋白質(zhì)組學(xué)對(duì)于共價(jià)配體的開發(fā)，可以對(duì)不含半胱氨酸的同源蛋白的對(duì)應(yīng)活性口袋開發(fā)非共價(jià)配體。
https://www.nature.com/articles/s41589-024-01738-7
原文引用：DOI：10.1038/s41589-024-01738-7
