分享一篇發(fā)表在JACS上的文章：Proteomic Ligandability Maps of Spirocycle Acrylamide Stereoprobes Identify Covalent ERCC3 Degraders，通訊作者是Scripps研究所的Benjamin Cravatt和Bruno Melillo兩位教授。在這篇文章中，作者通過ABPP技術(shù)發(fā)現(xiàn)了ERCC3蛋白的一種共價(jià)降解劑。
ABPP技術(shù)可以通過與靶向親核氨基酸的反應(yīng)性小分子探針競(jìng)爭來評(píng)估親電化合物與蛋白質(zhì)組的相互作用。在這些親電化合物中，親電立體探針具有位點(diǎn)特異性、立體選擇性和用于細(xì)胞生物學(xué)研究的足夠效力。因此，作者在這篇文章中對(duì)一組螺環(huán)丙烯酰胺立體探針進(jìn)行了化學(xué)蛋白質(zhì)組學(xué)分析。
作者首先合成了一組包含16個(gè)區(qū)域異構(gòu)體和立體異構(gòu)體的螺環(huán)丙烯酰胺庫，并利用其中帶有炔基的4個(gè)探針進(jìn)行了凝膠-ABPP實(shí)驗(yàn)。與作者此前開發(fā)的氮雜環(huán)丁烷丙烯酰胺相比，螺環(huán)丙烯酰胺表現(xiàn)出更低的蛋白質(zhì)組反應(yīng)性，但可以觀察到其與蛋白質(zhì)組的相互作用具有立體選擇性。
隨后，作者對(duì)螺環(huán)丙烯酰胺探針進(jìn)行了競(jìng)爭性ABPP實(shí)驗(yàn)，利用碘乙酰胺脫硫生物素探針進(jìn)行標(biāo)記并利用TMT進(jìn)行質(zhì)譜定量。在結(jié)果中，有14個(gè)半胱氨酸殘基被螺環(huán)丙烯酰胺立體選擇性地結(jié)合。作者在NEK9和RAB30蛋白上證明了ABPP實(shí)驗(yàn)得到的螺環(huán)丙烯酰胺的位點(diǎn)選擇性和立體選擇性結(jié)果。
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此外，作者還觀察到在結(jié)果中，ERCC3蛋白在探針處理1 h后有ZL-14A的顯著立體選擇性富集，而在處理3 h后立體選擇性卻明顯降低。作者猜測(cè)原因是螺環(huán)丙烯酰胺的共價(jià)反應(yīng)導(dǎo)致ERCC3蛋白降解，并且通過Neddylation抑制劑和蛋白質(zhì)點(diǎn)突變等方式證明了這個(gè)猜想。最后，作者還對(duì)螺環(huán)丙烯酰胺與一種天然產(chǎn)物雷公藤內(nèi)酯能共價(jià)結(jié)合ERCC3上相同的半胱氨酸殘基而具有不同功能的機(jī)制進(jìn)行了研究。
總的來說，在本篇文章中作者通過ABPP技術(shù)對(duì)螺環(huán)丙烯酰胺立體探針進(jìn)行了化學(xué)蛋白質(zhì)組學(xué)分析，鑒定到了一種ERCC3蛋白的共價(jià)降解劑。
原文鏈接：https://pubs.acs.org/doi/10.1021/jacs.3c13448
文章引用：10.1021/jacs.3c13448
