分享一篇發(fā)表在JACS上的文章：Proteomic Ligandability Maps of Spirocycle Acrylamide Stereoprobes Identify Covalent ERCC3 Degraders，通訊作者是Scripps研究所的Benjamin Cravatt和Bruno Melillo兩位教授。在這篇文章中，作者通過ABPP技術(shù)發(fā)現(xiàn)了ERCC3蛋白的一種共價降解劑。
ABPP技術(shù)可以通過與靶向親核氨基酸的反應(yīng)性小分子探針競爭來評估親電化合物與蛋白質(zhì)組的相互作用。在這些親電化合物中，親電立體探針具有位點特異性、立體選擇性和用于細胞生物學(xué)研究的足夠效力。因此，作者在這篇文章中對一組螺環(huán)丙烯酰胺立體探針進行了化學(xué)蛋白質(zhì)組學(xué)分析。
作者首先合成了一組包含16個區(qū)域異構(gòu)體和立體異構(gòu)體的螺環(huán)丙烯酰胺庫，并利用其中帶有炔基的4個探針進行了凝膠-ABPP實驗。與作者此前開發(fā)的氮雜環(huán)丁烷丙烯酰胺相比，螺環(huán)丙烯酰胺表現(xiàn)出更低的蛋白質(zhì)組反應(yīng)性，但可以觀察到其與蛋白質(zhì)組的相互作用具有立體選擇性。
隨后，作者對螺環(huán)丙烯酰胺探針進行了競爭性ABPP實驗，利用碘乙酰胺脫硫生物素探針進行標記并利用TMT進行質(zhì)譜定量。在結(jié)果中，有14個半胱氨酸殘基被螺環(huán)丙烯酰胺立體選擇性地結(jié)合。作者在NEK9和RAB30蛋白上證明了ABPP實驗得到的螺環(huán)丙烯酰胺的位點選擇性和立體選擇性結(jié)果。
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此外，作者還觀察到在結(jié)果中，ERCC3蛋白在探針處理1 h后有ZL-14A的顯著立體選擇性富集，而在處理3 h后立體選擇性卻明顯降低。作者猜測原因是螺環(huán)丙烯酰胺的共價反應(yīng)導(dǎo)致ERCC3蛋白降解，并且通過Neddylation抑制劑和蛋白質(zhì)點突變等方式證明了這個猜想。最后，作者還對螺環(huán)丙烯酰胺與一種天然產(chǎn)物雷公藤內(nèi)酯能共價結(jié)合ERCC3上相同的半胱氨酸殘基而具有不同功能的機制進行了研究。
總的來說，在本篇文章中作者通過ABPP技術(shù)對螺環(huán)丙烯酰胺立體探針進行了化學(xué)蛋白質(zhì)組學(xué)分析，鑒定到了一種ERCC3蛋白的共價降解劑。
原文鏈接：https://pubs.acs.org/doi/10.1021/jacs.3c13448
文章引用：10.1021/jacs.3c13448
